Nuestra Cofradía tiene su Sede Canónica en la
Iglesia de San Francisco perteneciente al Real Convento de Santiago de
Vélez-Málaga; convento en el que los Padres Franciscanos residen en
Vélez-Málaga desde 1.498. El Señor del Huerto y María Santísima de los
Desamparados, tienen ubicada su capilla junto al Altar Mayor de la Iglesia y
presidiendo la nave lateral de la misma. Cuenta con una antecapilla, en cuyas
bóvedas se recogen una serie de frescos de la época.